Деревянную церковь в Великом Устюге передали епархии. Храм передали РПЦ в рамках федерального закона от 30 ноября 2010 г. № 327-ФЗ «О передаче религиозным организациям имущества религиозного назначения, находящегося в государственной или муниципальной собственности».
"Управление Росимущества в Вологодской области передало в собственность Великоустюжской епархии Русской православной церкви храм святителя Митрофана Воронежского, расположенный в Великом Устюге. Это сделано в соответствии с федеральным законодательством", - сообщает портал Город Во.
Когда -то на этом месте стояла каменная церковь, возведенная при Великоустюжском тюремном замке в 1834 году. В советское время храм был полностью разорен и разрушен.
На территории, где когда-то находился Великоустюжский тюремный замок, находится колония ИК-3 УФСИН России. С 2012 года по инициативе руководства колонии и заключенных на территории исправительного учреждения строился деревянный храм. Финансовую помощь оказал руководитель группы компаний «Пчёлка» Василий Михайлович Перевалов, на возведении церкви трудились осуждённые. Иконы написаны в мастерской вологодского иконописца Анатолия Зубова.
10 мая 2014 года храм освятил архиепископ Вологодский и Великоустюжский Максимилиан (Лазаренко).