
Одной из самых важных заслуг Николая Васильевича считается введение в хирургическую практику антисептики - активного обеззараживания с помощью химических средств. Склифосовский выработал строгий гигиенический режим в столичных клиниках. Однако нововведения профессора встретили враждебно. Только Н. В. Склифосовскому благодаря его авторитету удалось сломить это сопротивление сначала в Москве, а затем и во всей России. На I Пироговском съезде в 1885 году он выступил с блестящей речью в защиту антисептики — с докладом «Об успехах хирургии под влиянием противогнилостного метода». Этот доклад стал отправной точкой новой хирургии в России. Ведь до нововведения Склифосовского отсутствие стерильности при операциях часто приводило к печальным итогам.
Склифосовский первым в мире применил местное обезболивание раствором кокаина при операции по поводу расщелины твердого неба. Профессор сконструировал аппарат, который позволял поддерживать наркоз во время операции на челюстях и в полости рта. Кстати, до применения наркоза все, даже самые сложные операции, длились не более пары-тройки минут.
Еще одной важной заслугой Склифосовского можно считать то, что он внедрил в хирургическую практику с 1898 года рентгенологические исследования.
Николай Васильевич был «пионером» в нескольких отраслях медицины. Он одним из первых начал проводить операции по удалению кисты яичников. В московский период он одним из первых стал применять гастростомию, в Петербурге — «пуговицу Мерфи». Из других выдающихся его нововведений в русской хирургии отмечают применение пузырчатого шва. Также Склифосовский предложил оперативное лечение мозговых грыж, грыж брюшной стенки, рака языка и челюстей, желудка, оперативное удаление камней мочевого пузыря. Кроме того, он разработал показания к хирургическому лечению заболевания желчного пузыря, методику операций.
Профессор являлся одним из учредителей Пироговских съездов, игравших большую роль в отечественной медицине. В разные годы был председателем I съезда российских хирургов, организатором международного съезда в Москве и его хирургической секции. Помимо этого он входил в число членов-учредителей Общества русских врачей, Московского хирургического общества. Отмечают заслуги Склифосовского и в журнальном деле. Он являлся основателем и редактором «Летописи русской хирургии», «Русского хирургического архива».
«Замком Склифосовского», по-другому «русским замком», хирурги до сих пор называют закрепление металлическими швами переломанных концов бедренной кости. Придумал это, как следует из названия, Склифосовский.
Множество новшеств ввел Склифосовский в области военной медицины. Он разработал принцип приближения медицинской помощи к месту боя, принцип «сберегательного лечения» огнестрельных ранений. Профессор ввел в широкое употребление применение гипсовых повязок. И это не все его заслуги. Склифосовский не раз был врачом на войне. Сначала он отправился на австро-прусскую войну. Там он работал на перевязочных пунктах и в военном лазарете до самого окончания кампании. После окончания войны профессор написал большую статью о своем опыте работы. Следом была франко-прусская война и Склифосовский вновь отпросился на фронт. Военный опыт Склифосовского вновь был востребован в годы Балканской и русско-турецкой войн. В написанных позже работах Николай Васильевич проанализировал проблемы организации транспортировки раненых, лечения огнестрельных повреждений и частной помощи на войне. Он настаивал на том, что лечение проникающих ранений грудной клетки нужно проводить прямо на месте, без транспортировки. Во время боевых действий Склифосовский под пулями противника оказывал практическую помощь солдатам. Коллеги отмечали, что он поддерживал в больных бодрость духа, заставлял безропотно переносить все тяжести и лишения фронтовой жизни.